追記

↑の結論の実証コードを書いてみた。

1. string.emptyと""の参照比較を行うDLLを作る
2. コンソールアプリを作り、最初にstring.Intern( string.Empty )する
3. その後Assembly.LoadFromでDLLをロードして参照比較を行う

コンソールアプリのコードは↓

using System;
using System.IO;
using System.Reflection;

namespace RegisterInternPoolEmptyString
{
	class MainClass
	{
		[STAThread]
		public static void Main(string[] args)
		{
			string.Intern( string.Empty );
			
			string dllPath = Path.Combine( Directory.GetCurrentDirectory(), "CompareStringEmpty.dll" );
			
			try
			{
				Assembly dllAsm = Assembly.LoadFrom( dllPath );
				
				object objCls = dllAsm.CreateInstance( "CompareStringEmpty.CompareStringEmpty" );
				
				Type typeCls = objCls.GetType();
				
				MethodInfo mi = typeCls.GetMethod( "CompareEmptyStringObjectRef" );
				
				bool comparison = (bool)mi.Invoke( objCls, null );
				
				Console.WriteLine( comparison );
			}
			catch( Exception e )
			{
				Console.WriteLine( e );
			}
		}
	}
}

DLLのコードは↓

using System;

namespace CompareStringEmpty
{
	public class CompareStringEmpty
	{
		public CompareStringEmpty()
		{
		}
		
		public bool CompareEmptyStringObjectRef()
		{
			return (object)string.Empty == (object)"";
		}
	}
}

実行結果は予想どうりTrueが帰ってきた。